口服藥物治療是目前最常見的治療方法之一，包括第5型磷酸二脂酶抑制劑 (PDE5 inhibitors)，例如威而鋼(Viagra）、犀利士（Cialis）、賽倍達(Spedra)和樂威壯（Levitra）等。這些藥物可以增加陰莖血流，幫助及維持勃起，這是最簡便的方法。此類勃起功能障礙藥物皆為處方藥，須經由醫師評估處方才能安心服用，尤其是有心肺疾病的患者，更需謹慎小心藥物安全。如果口服藥物治療效果改善有限，仍需合併採用其他治療方法。
另一種方法是陰莖海綿體內藥物注射治療，直接將藥物注射到陰莖海綿體內，使海綿體動脈擴張，造成陰莖充血勃起，臨床效果比第5型磷酸二脂酶抑制劑更快速有效，但需患者自己操作注射針具。此外，頻繁且長期的藥物注射陰莖海綿體，學理上可能造成陰莖海綿體內小損傷，增加纖維化風險。