1. 容易自動排出的結石
新診斷的尿路結石，如果小於0.4公分，90%會自行排出，建議的治療方式是保守療法與密切觀察，如果症狀持續或反覆發生(包括：腎絞痛、發燒、成染、腎水腫與腎功能損傷等)，則建議採取積極的治療方式，包括：體外震波碎石術(SWL)、輸尿管鏡手術、置放雙J型導管或經皮腎造瘻(PCN)引流治療。
(經皮腎造瘻截石手術取出的腎結石)
2. 不容易自動排出的結石
不容易自動排出的結石，在採取任何治療方式之前，皆必須告知病患各種治療方式相對的優劣點及可能之併發症。
3. 任何部位之尿路結石，接受SWL治療後，如果 X 光片顯示結石並未被明顯擊碎 (disintegration),或者結石碎片並未排出，不建議再次使用 SWL 治療，應該採取其他治療方式。
4. 腎結石與輸尿管結石經過SWL治療後，如果效果不錯，結石明顯被擊碎且陸續排出體外後，仍有殘餘腎結石或輸尿管結石，必須至少經過壹週以上的觀察，如果殘餘結石符合各項治療方針之規定，方可再次使用SWL治療。
輸尿管結石之治療方針
- 小於一公分的近端輸尿管結石
開刀手術不應作為第一線的治療方式，推薦SWL做為首選的治療方式。 - 大於一公分合併輕微或中度腎水腫的近端輸尿管結石
開刀手術不應作為第一線的治療方式，SWL與輸尿管鏡取石術都是可以接受的治療方式。 - 小於一公分的遠端輸尿管結石
開刀手術不應作為第一線的治療方式，SWL 與輸尿管鏡取石術都是可以接受的治療方式。 - 大於一公分的遠端輸尿管結石
開刀手術不應作為第一線的治療方式，SWL與輸尿管鏡取石術都是可以接受的治療方式。 - 大於一公分且合併嚴重腎水腫的管結石
此類輸尿管結石由於堵塞時間長久，常合併輸尿管狹窄或其他病兆，SWL 治療效果極差，此類輸尿管結石建議應視位置不同，採用輸尿管鏡取石術、與經皮腎造瘻取石術、腹腔鏡手術或開刀手術治療。
腎結石之治療方針
- 小於 1 公分之腎結石，無論其成份與位置，SWL是首選的治療方式。
- l 至 2 公分以下之腎盞腎結石，可以選擇 SWL或經皮腎造瘻取石術(PCNL)治療 , 其餘部位1至2公分之腎結石，SWL是首選的治療方式。
- 2公分以上之腎結石，以 PCNL 治療效果較好：如果屬於較軟之結石成份(比如：尿酸、磷酸銨鎂與雙水草酸鈣)，則可以選擇SWL治療。
- 一般鹿角狀腎結石首先應該採取PCNL治療，術後如有殘餘結石，可視殘餘結石大小，使用體外震波碎石術或再次PCNL當作輔助治療方式。
- 有出血傾向者，輸尿管鏡加上腎結石雷射碎石術是一種可接受的選擇。
感染性鹿角狀結石之治療方針
壹、一般原則
- 感染性鹿角狀結石病患即使沒有明顯臨床症狀，除非有手術禁忌症，皆需要積極處理。根據美國泌尿科醫學會專家的意見評估，觀察性的等待策略對成染性鹿角狀結石病患不是最好的選擇。
- 醫師在選擇治療方式之前，必須以口頭與書面資料，充分告知病患各種積極治療方法的相對好處及危險性。
貳、特定原則
- 對於多數感染性鹿角狀結石病患而言，體外震波碎石術單一治療方式與開刀手術(open surgery)，不應用來作為第一線的治療方式。
- 多數的感染性鹿角狀結石病患，首先應該採取PCNL 治療，術後如有殘餘結石，可視殘餘結石大小，使用體外震波碎石術、再次PCNL或局部化學溶解結石當作輔助治療方式。
- 小體積的感染性鹿角狀結石 (<500 mm2，length×width(mm))，並且集尿系統正常或輕微擴大，可以採用體外震波碎石術(宜事先置放雙J型導管，以避免輸尿管堵塞)單一治療法。
- 體積極大或解剖結構複雜的感染性鹿角狀結石，如果預期即使多次PCNL與體外震波碎石術，仍然無法清除結石，開刀手術是一適當的治療選擇。
- 如果感染性鹿角狀病患其結石側腎功能不佳或者反覆性腎蓄膿，腎臟摘除術是一種合理的治療選擇。